Теоретически для этого в значительной степени и предназначена грамотная разметка ЖД. Если данные находятся на специальных отдельных от системы разделах, таких как home, то при переустановке просто не надо эти разделы форматить и всё в результате должно быть в порядке - снесётся только система, а данные сохранятся.