Если неизвестно, проверять вначале на работающий скрипт/прогу, и если не пашет, запускать дальше.

Вообще говоря, ничего особенного-то не требуется, всё пишется банально:
Проверка на запущенные скрипты/проги.
Поиск ваших папок.
Для каждого файла в найденных папках запуск внешней проги.
Удаление файлов.
Энд.

Не вижу сложностей, вроде бы.