iptables равно как и ip6tables всего лишь пользовательские утилиты для управления netfilter. netfilter либо вкомпилирован в ядро, либо подгружается модулем. Скорее всего в твоём случае второе. Лучше не отключать а установить дефолтные политики в ACCEPT. Хотя это, конечно, от задач зависит.