Я такую проблему решил переносом всех профайлов (Users) на отдельный раздел.
Правда не смотря на это все равно был случай когда системный диск переполнился.. выяснилось что это из-за кэша Adobe AfterAffect. Он его по умолчанию к себе в Program Files складывает, и размеры быстро переваливают за не сколько десятков гигов.