НИчего сверхъестественного здесь нет. Во первых, nginx не обрабатывает .htaccess. Файл .htaccess, это чисто апачевская приблуда. Далее, имеет место банальная связка nginx+apache по схеме frontend-backend для повышения производительности сервера. При должной настройке nginx обычно вешается на 80 порт и ловит все приходящие пакеты с заголовками по типовой схеме browser->80 port server и передает на backend apache, который вешают в силу естественных причин на другой порт, в данном случае на 81.