Вот отличная статья как уменьшить папку winsxs http://habrahabr.ru/post/72427/
Эта папка нужна для хранения всех файлов обновления чтобы можно в любой момент откатить систему. Но там много файлов повторяются. А в 64 разрядной системе там в два раза больше файлов от 32 битной и 64 битной системы. Ещё если стоит SP1 то можно командой в терминале dism /online /cleanup-image /spsuperseded
Эта команда удаляет все файлы сохраненные после обновления первого сервис пака.