Право, зачем такие извращения? Можно просто убить процесс (и заблокировать его запуск антивирусом, например, если сопротивляется). Единственная проблема в данном случае - с треем можно попрощаться. Я ещё не видел ни одной альтернативной реализации tray-сервера под Windows, все паразитируют на Explorer, парся содержимое трея из него. Так что в фоне пускай висит, благо, он не прожорлив.
RocketDock сам по себе трей показывать не умеет. Я долго искал доклеты, нашёл лишь нечто кривоватое. Из альтернатив: ObjectDock (поддержка трея только в платной версии, в Free - опять-таки, только доклеты (они у RocketDock и ObjectDock совместимы, но работают не всегда одинаково хорошо в обоих)); Nexus Dock (хорошо реализовано, но уж больно ресурсы он жрёт, у меня 11% процессорного времени в простое отъедал); ObjectBar (лучшая реализация, но программа старая, неподдерживаемая, платная и нередко вызывает конфликты).