на всякий случай - "загрузившись в консоль" это ведь не запуск cmd? =)
Ещё парочка "дурных" вопросов.. в проводнике "отображать скрытые и системые" папки галки стоят? Может флаг установился?
Если в командной строке перейти в каталог с "пропавшей папкой" и вывести dir - в списке отобразится?
Total commander, например, каталоги видит?