Если на этот вопрос действительно ответ "нет" - будет ли видно папки, если галку поставить?

На самом деле (судя по описанию) похожая фигня была, чекдиск помог.. Поиском, пока проверка шла, наткнулся на (скорее всего этот.. или похожий) топик http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1803188 - похоже, глюк NTFS

Скрытое содержимое доступно для зарегистрированных пользователей!


p.s. по поводу флуда - тут уж на Ваше усмотрение, бейджик позволяет.
p.p.s. * при загрузке с CD (XP по крайней мере) в режиме восстановления флаг /p вместо /f использовался..