ОК.. видимо, "пропажа не видна" = "пропавших" файлов тоже не видно (прочитал изначально, как "пропажа не видна", т.е. типа в линуксе пропажи нет)
Из "безвредного" - можно попробовать для очистки совести fsck прогнать.. Если не поможет - видимо, в сторону NTFS-утилит смотреть. Ни с чем похожим не сталкивался...

Ещё интересно было бы узнать, что какая-нибудь Recovery утилита про "пропавшие" каталоги скажет.