WTF? Предложу своё видение. Ничего никуда и не пропадало! Квип давно уже хранит твой профиль и профайл в папке пользователя в appdata, поэтому при запуске квипа - "квип видит и профили и историю сообщений". Аналогичная ситуёвина и "с джаббером и еще парой приложений". И, кстати, "это то что в глаза бросилось" - а бросаться и нечему, т.к. ничего не сломалось! Поэтому, "под линуксом пропажа не видна, к другой машине подкидывал, тоже не видит".

MS начиная с висты предложила новый принцип установки прикладного ПО - в папку пользователя. Поэтому, многие современные программы и хранят или профили или даже сами себя (хром, например) в папке юзера, в соответствии с рекомендациями MS.