Лучшая это jv16 PowerTools, до неё это RegSupreme Pro. Reg Organizer - помню что-то негативное было, толи стёрла лишнее так что комп перестал грузиться или наоборот толку не было. Если надо тщательно раньше чистил в неск проходов, сперва регклинер, потом регсупреме про, потом поверс тул. Сейчас обхожусь только поверс тул - но если ошибок очень много, может потребоваться его много раз запускать - к примеру когда снёс фотошоп который 5 лет стоял - 1200 ошибок высокого уровня выявилось, а он больше 100 за раз не стирал После поверс тул, можно пройтись нортоновским виндоктором - он старые ярлыки хорошо чистит. Ну и всё. А потом для ежедневной профилактики, поставить CCleaner в автозагрузку - с галкой - выполнять очистку при включении компьтера.
Может так и сделать? акроником снять образ, и перезаливать его заново при проблемах. Или пусть работают из под виртуалки, а данные при выходе сохраняют на отдеольный носитель или диск.