Стандартными средствами Windows, наверное никак, это зависит от самой программы , т.к. некоторые не могут быть показаны в Области уведомлений.
Как вариант, использовать программы типа 4t Tray Minimizer Free. Но если программу пишите сами, то возможно такой функционал реализовать.

Нашел такое описание:
"Для удаления пиктограмм из области уведомлений запустите в окне Запуск программы редактор системного реестра REGEDIT. Перейдите в раздел HKEY_LOCAL_MASHINE\SOFTWARE\Microsoft\WindowsXCurr entVersionRun. В рабочем окне выберите запись, которую необходимо удалить, и нажмите клавишу ."
Там где удаляют, там и включают
Но это не для Сёмы, т.к. такого раздела не нашел