Нужно прояснить несколько моментов:
1. Точно нужен windows для сайта? я согласен на асп есть практически великие поделки которые только на винде корректно работают., но если у Вас php то только Linux (Дистрибутив по вкусу, мне например больше Debian импонирует)
2. DDoS бывает разный? дайте больше информации по атакам, вас флудят по http \ syn \udp и тд.? от разных атак разные способы защиты, может вообще не атака а просто нагрузка большая?
3. DNS это конечно хорошо, но у Вас ДНС ложится или сам сайт?