1. DOCKER (виртуализация) и там море всего готового. Apache ставь в целях ознакомления! Ставь, и никого не слушай. Плюс, кто бы и как бы не ругал апач, но его htaccess и конфиг правил чпу на лету очень и очень удобны. И во многих cms задействованы. И многие сервера на хостинге включают его по-умолчанию. Давая переопределить те или иные параметры +/-. Тебе нужно знать: к чему быть готовым. В случае с разными сборками Nginx все не так тривиально. Но и его ставь тоже. Mysql, Mariadb fork или что-то подобное тоже поставь для ознакомления. Самое легкое в освоении и довольно распространенное. Но будь готов набивать шишки.
2. IDE, PHPStorm да, здесь был и совет про Eclipse. в том же PHPStorm е у тебя под рукой многое: и работа с фтп с горячим доступом посредством нажатия клавиш, и дружба с непрерывной разработкой, в том числе GIT и иже с ним, вполне вменяемый редактор версий визуальный, и множество надстроек и настроек, которые облегчают жизнь и кодинг согласно принятым и оговоренным стандартам PSR. Помогают разобраться в чужом коде: UML, дерево классов, подсветка синтаксиса нескольких десятков языков и многое, многое другое. Вплоть до отладки не отходя от кассы с выбором версии исполнения PHP и встроенного дебаггера с брикпоинтами. Плюс множество неявных подсказок, которые помогают избежать Notice и дополнительного рефакторинга. Но, не знаю как на Linux, на Windows этот друг с кучей удобных приблуд ест очень много памяти. Будь готов оснастить рабочую машинку 24 гигами оперативы и более. И ничему не удивляйся.
4. Советую все же ознакомиться в случае с Linux с текстовыми командами, наподобие tail, grep, cat, sed, chmod, chown, ls, vi, vim, top, ps и т.п. Вот, например, статейка. Не пренебрегай стандартным инструментарием. Как показывает жизнь, многие хостеры предоставляют доступ к консоли Linux сервера с очень ограниченными возможностями и минимумом предустановленного п.о. В идеале конечно работать на своих серверах, место на которых ты будешь продавать клиенту, но так бывает не всегда. И эти навыки тебе помогут на этапе переноса и внедрения проекта-) или же тестирования: что пошло не так, где лежат логи, как их быстро просмотреть, что в них найти, как нагружен сервер и т.д.

В итоге: просто поставить и пользоваться - мало. Освойся: где лежат конфиги, как их менять, где прописываются настройки, как подключать модули и расширения, куда кладутся логи. Удачи, добрый человек-) на этом тернистом пути.