Ну да, для этого он и задуман, хотя я использую для локальных дисков.
Сетевые машины открываются в консоли аналогично локальной машине, на них просто устанавливается клиент, насколько помню.
А расписание и хранилища можно настроить с любой машины, где установлена консоль Acronis Backup - по идее так.

Хайпер не пользую, но образы VMWare архивируются просто вместе с диском, на котором лежат. В хайпером то же самое.
Если что в параметры плана копирования можно воткнуть батник/екзешник до/после копирования - чтобы вырубить / перегрузить виртуальные машины.
Но при теневом копировании это не обязательно.

Да, и каждую сетевую машины лучше помещать в отдельное хранилище,
а внутри хранилища все диски в один архив или от отдельные архивы для каждого диска.

Если дисков на машине несколько, и интенсивность использования разная, лучше делать разную периодичность и отдельные архивы под каждый диск в хранилище,
общий размер инкрементных архивов будет в итоге меньше.

И обязательно включить и проверить восстановление при загрузке и сделать резервный загрузочный двд, и вообще потестить восстановление.