Кое-что прояснилось, я совсем забыл про /var/log/messages. Он у меня был довольно внушительных размеров - 455 Мб, а старый файл вообще - 1.3 Gb (но этот лог клинер не затрагивал, этот файл хранился забэкапеным) Я как поставил систему, так до сих пор не удалял никаких логов. Общий размер /var/log был почти 2 гига Почистив этот файл(ну и за компанию половину ненужных логов столетней давности ), все стало путем. Хотя в общем плане проблема не исчезла, проверять в ходе работы размер temp-файлов на ext2 фс, я думаю, все же стоит, потому что на сервере логи могут быть и побольше размером чем у меня в системе, а это значит что там может возникнуть такая же проблема.