а какой смысл загружать новый .htaccess если можно записать любой php код ??

Даже если ДЛЕ 9.0+ все равно можно залить шелл в основную папку или туда тоже нельзя? В крайнем случае тогда можно заменить фразу Disallow на Allow в .htaccess

UPD: не так понял написанное, сорр мой фэйл.