Входной файл должен быть (в твоём случае) в виде

http://site1.com/

http://site2.com/

В следующей версии добавлю возможность вообще отрубить парсинг. А так - формат входного файла как я упомянул выше.

Domain - /

И добавляя что искать, учитывай что линки изначально будут с слешем в конце ( http://test.com/ ), так что добавлять надо, например,

phpmyadmin/index.php pma_blabllba_asdas

а не /phpmyadmin/index.php