Проблема в записи в .htaccess

1. Попробуй вложить в архив еще и его,c пустым содержанием, если прав хватит то заменится.

2. Попробуй вложить в архив папку с пустым .htaccess.

В целом мало информации о системе, хотелось бы увидеть какие сервисы крутятся.