погугли - apc.php manager по самому первому линку там можно скачать скрипт. Очень просто настраивается. В правом верхнем углу кнопка - clear opcode cache. Меняешь php файл. Обнуляешь кеш, заново инициируешь запуск файла в который были внесены изменения. Стоит отметить, что далее в frontend-backend данные от бэкенда попадают в тот же файловый кеш нгинкса или мемкеш. Так что если все равно не обновится значит копать в эту сторону.