Такими темпами рут мог разве что с неба свалиться.

За сайты отвечает http-демон. Они бывают разные. А вот уже в его конфигах написано, где и какие сайты лежат. Узнать используемый хттп-сервер легко, вариантов масса. Можете по заголовкам, сканером или просто в списке процессов.

Традиционно на больших сайтопомойках сайты складывают сразу в /home, на не очень - /var/www.