Брутят, вы не поверите, брутом. Все тупо до безобразия. Фтп как правило тырят ботами с машин. Шеллы массово - через дыры в популярных цмс.

Сканер выкидывайте и учитесь работать руками. Когда сможете написать свой или с первого взгляда описать алгоритм любого такого сканера - тогда и будет толк от их использования.