Есть вероятность, что установлена фильтрация айпи-адреса. Проверь /etc/hosts.allow и /etc/hosts.deny. Плюс, может быть там используется нестандартный номер порта (если вообще mysql настроена принимать удаленные подключения). Подключение идет локально на сервере или от себя (я так полагаю, что удаленно, просто использовать php для этого несколько странно)?