Много вариантов может быть, но самый вероятный - на кроне от рута висит какая-то задача, которая восстанавливает все файлы в директории, например из какого-то архива. Посмотри доступные кроны, может найдёшь там.

А вообще, ядро старовато, сплойтов много валяется на том же рдоте. Попробуй порутать его