Я ваще с линуом немного на ВЫ, но когда было дело юзал в оснавном:
wget - заливал (если нет его, то средствами php или mysql, смотря куда есть доступ)
tar, gzip - архиваторы
cp - копирование
chmod - сменить чмод файла
mkdir - создать диру
ну и в остальном всякие типа mysqdump итп, не имеющие отношения к линю. Но чаще всего это cd, cat, ls