FASM рулит в том что не надо мучаться с компилом.
Все параметры компила пишутся в исходнике проги.
Вот к примеру некоторые из них:
1) format PE GUI at 5000000h - компилит в PE EXE под графическую оболочку и базовый адрес кода - 5000000h
2) format PE - тоже PE EXE но под консоль
3) format PE64 - под 64 битные системы
4) use16 - 16-ти битный bin файла
5) use32 - 32-х битный bin файла
6) format ELF - вообще под линух.

Ну и в томже духе. И вообще в FASM можно ресурсы прописывать внутри кода программы.