По сути тут чистый Race Condition, как мне уже предложили, разумно в качестве Uploader использовать file_put_contents(shell_code), а для того, что бы войти в состоянии гонки - использовать bash curl -X HEAD .

Это бы решило проблему.... Но кое-где HEAD бывает отключен, GET может парсить долго. Что делать тогда?