А через шаблон как именно вы заливаитесь? через бегдор или уплодером? уверены ли вы, что вставив свой код, не нарушили структуру кода? при заливке попробуйте менять расширения шелла например на phtml, бывает в корне htaccess пропускает только индексный php, так же можно попробовать через установку модулей, а потом смотреть свой шелл в tmp, так же в зависимости от установленных компонентов из админки можно реализовать локальный инклуд