ну как вы сами и написали, тот же r-admin у него есть кнопочка не только удаленного подключения к раб. столу и перехвата управления, но что-то типа файлового менеджера, после подключения к машине, вы лазите по папкам и директориям, можете скачивать, заливать и удалять файлы, при этом пользователь за компьютером может спокойно сам работать. Так же r-admin (ну раньше точно, когда приходилось с ним работать) имел возможность так называемой скрытой установки (без отображения значка в трее при работе) что бы не смущать пользователей.