смотря какой Linux и какая DE

на ubuntu можно через update-rc.d добавлять сервисы + есть встроенная софтина которая называется "автоматически запускаемые приложения", на каком-нибудь centos можно через chkconfig

в gnome можно в ~/.config/autostart/ добавлять свои .desktop файлы в которых можно через Exec=путь/до/файла запускать произвольную программу при старте системы

в kde можно проделывать аналогичное по пути ~/.config/autostart, ~/.kde/Autostart