Можно попробовать перезаписать существующие скрипты или положить свои в директорию с автоподключением. Все зависит от ваших прав и программного обеспечения. Если абстрагироваться от node - выбор у вас большой: различные start.sh, каталоги с конфигами, bashrc и т.п.

Имеет смысл поискать CVE, позволяющие выполнить код с правами определенного приложения. Их довольно много.