Наверное сортировка разная.

бывает два вида или так 123456789aaaaaaaannnnnnnnnn или так

123456789

aaaaaaaaa

nnnnnnnnn

и если словарь отсортирован вторым способом то размер словаря увеличивается.

Лучше всего чистить и склеивать и сортировать в Линуксе. Проверенно многократно намного быстее и чише словари получаются в линуксе.

cat 1.lst 2.lst 3.lst | sort | uniq | sed -n '/^.\{8\}/p' > result.txt

sed '/[^\t\n\r -~]/d' 1.txt > ochishen.txt

tr -d '\r' bezCR.dic

comm -13 1.dic 2.dic > rezultat.dic удаляет из словаря 2 все пароли которые в словаре 1