Идея интересная. Но раз уж подобное делать, то я считаю нужно сделать так:

1) На сервер заливается специально написанная серверная часть, которая обрабатывает запросы от клиента в виде http-api.

2) Клиент - это и есть то, что ты называешь шелл-менеджером. Т.е. в нём файловый менеджер + командная строка. Сервер выбирается из списка. Ну и как бонус - фичи для массовой работы с серверами.

Делать софтину для людей в том виде, в котором ты предложил особого смысла не вижу. Хз кому это может понадобиться. Чтобы прочекать шеллы индивидуально для себя - сгодится и консольный скрипт из 50 строк кода.