А с чего ты взял, что он должен выполняться? Может сайт вообще сделан не на пхп.

Скачай конфиг nginx и посмотри как всё настроено. Обычно лежит в /etc/nginx/nginx.conf . Инклуды в конфиге тоже надо просматривать, так как виртуальные хосты обычно инклудятся.