Не, перенастроить открытие BAT файлов на блокнот это запросто, вопрос как запретить запускать их встроенным объектам Internet Explorer, это политики каких-то сценариев в какой-то зоне безопасности, но я не понимаю почему окно вылазит в IE но не вылазит во встроенном в другое приложение объекте IE