Скорее всего проверка дисков на ошибки. Отключить можно так: tune2fs -c 0 -i 0 /dev/sda1 (где /dev/sda1 - твой диск или диски, которые проверяются). Или, зайди в корневой каталог своего пользователя и в консоли набери: touch /fastboot. Либо, попробуй выключить так: shutdown -rF. Но! Лучше погоняй диск на бэды (викторией, например или mhdd). Скорее всего есть битые сектора, в таком случае после предыдущих мероприятий система может не загрузиться. Либо выключаешь некорректно.