по-моему склмап считывает файловую архитектуру в своей директории .sqlmap

у меня это /root/.sqlmap/output/site.com

в папке /root/.sqlmap/output/dump должны быть файлы соответствующие имена баз данных

а в /root/.sqlmap/output/site.com сам файл session.sqlite

зы могу ошибаться, т.к. никогда не было подобных проблемм. попробуйте обновить склмап из репозитория на гитхабе