Попробуйте залить шелл в папку /tmp (если не включен open_basedir) и затем сделайте include его через rce уязвимость которую нашли, да и вряд ли в корне лежал бы файл в котором заблокирована обработка РНР, как же тогда работает сайт, скорее всего там указано, что только для файлов у которых название совпадает с файлами CMS DLE разрешено использование РНР (попадался такой случай), попробуйте назвать свой шелл так же, но в другой папке, дабы не затереть существующий файл, например залить в /engine/ajax/init.php или /engine/ajax/engine.php. Но это только догадки, предоставьте больше информации...