В Kali Linux очень много лишнего софта, 60-70 процентов можно заменить Метасплоитом. Наверное его напичкали таким большим колличеством программ для того, чтобы эта ось пришлась по нраву всем. У всех же разные вкусы и предпочтения (ИМХО дилетанта). Кто-то юзает графическую брутилку, например burpsuite, а кто-то спокойно обходится Hydr`ой. Кто-то крутит SQLi через sqlmap, а кто-то юзает модули Metasploit. С тем же метасом тоже самое, кому-то нравится ламерский эрмитаж(без обид, Veil но он реально ламерский), а кому-то ламповый консольный метас.