а причём тут stacked queries вообще

into outfile и load_file должны работать и без них

вообще для чтения и записи у sqlmap есть стандартные флаги: --file-read, --file-write, --file-dest. попробуй с ними поиграться

возможно такое что на index.php стоят права 600 и владелец какой-нибудь апач а ты пытаешся прочитать его от пользователя mysql