↑
opcache скорее всего. там есть много настроек, в адекватных ситуация он должен чекать существование/изменение файла, видимо дефолт как то странно настроен для этого хостинга. эту штуку(opcache) можно отключить через htaccess
php_flag opcache.enable Off
или через .user.ini (если похапе не как модуль подключен к апачу)
opcache.enable=0