Можно эксплуатировать не только ядро, если еще службы/сервисы/демоны. Есть конфиги которые могут быть кривыми. Ну и вообще имея шелл на сервере можно вести наблюдение с целью сбора инфы. Можно повесить JS кейлогер на сайт и отловить пароль админа если к примеру хэш не брутабельный. И поверь ограничение прав на файлы не всегда помеха.