Сайты стали интерактивными по большей части. Скачать "весь сайт" не получится без исходников. Ну... потому что если страница генерируется скриптом - то как ты ее скачаешь ?

Вот допустим представь что она берет из текстового файла какие-то слова, рандомно перемешивает и отдает тебе страницу. Чтобы скачать весь этот "сайт" даже гуглу не хватит всей его мощности. Хотя сайт состоит всего-то из одного файлика.

Под конкретный сайт обычно пишутся свои тулзы. Автоматической такой не знаю...