Так может быть у вас не Апач а что-то другое (nginx)? если вы можете запрашивать файлы .htaccess (или любые другие, начающеися на .ht) то скорее всего вы имеете дело не с Апачем а чем-либо другим. Так как у Апача по умолчанию настройка не выдавать файлы .htaccess а выкидывать ошибку 403. А если вам не видаёт ошибку, а выдаёт содержимое файла, то скорее всего это не Апач (либо же криво настроенный Апач) и тогда сервер не учитывает этот файл.