Это как так? Библиотеки jQuery выполняются на стороне пользователя (браузер/приложение), а Java это язык/технология используемая на стороне сервера. т.е. сервер исполняет код/команды написанный на Яве, а браузер исполняет код Яваскрипт из библиотеки jQuery. Есть ещё NodeJS который исполняет код написанный на Яваскрипте на сервере, но тут не об этом.

Такие уязвимости называются Cross-Site-Scripting (XSS) и бывают разных мастей. Ну и там уже по обстоятельствам, либо js-код в комментариях или в запросе, но этот код должен исполнятся в сессии нужного аккаунта. Опять-же таки печеньки могут быть защищены от атак/запросов со стороны JS. И сам сервер может быть защищен от внешних JS-скриптов.