Может непосредственно к самой защите base64 не имеет никакого отношения. довольно пространно задан вопрос. кроме того, что вы отсканировали анализатором вы еще что-нибудь делали? Вы уверены, что base64 используется в самом алгоритме генерации ключа? поподробнее о защите и что вы пробовали делать.