>>- почему, когда я каждый день запускаю оперу через консоль у неё потёрты все настройки, как будто я её только установил?

наверное в опере есть профиль пользователя. и когда ты запускаешь из ярлыка то загружается профиль пользователя. а когда ты запускаешь из консоли без каких либо ключей итд итп то никакой профиль не загружется. посмотри в настройках ярлыка какой командой вызвается опера.

зы лично у меня с оперой такой проблемы не было