такие большие файлы не криптовал, но знаю что gpg при криптовании использует гибридный алгоритм - создается сеансовый (на один раз) симетричный ключ (тоесть пароль, которым можно как и зашифровать так и расшифровать) и им криптуется весь файл, а уже сам этот сеансовый ключ криптуется асиметричным ключем. за счет этого скорость возрастает, так как симетричными ключами файлы криптуются быстрее чем ассиметричными