var sum1=0;
var sum2=0;
var x=new Array(5);
var cnt1=0;
var cnt2=0;
document.write("Все числа: ");

for (var i=0;i<5;i++) 
{
  x[i]=(Math.floor(Math.random()*100))+40;

  if(x[i]<=100)
  {
    cnt1++;
    sum1+=x[i];
  }
  else
  {
    cnt2++;
    sum2+=x[i];
  }

  document.write(x[i]+", ");
}

if(cnt1>0)
  document.write('<br>'+'Среднее значение чисел меньше или равных 100 = '+sum1/cnt1);

if(cnt2>0)
  document.write('<br>'+'Среднее значение чисел больше 100 = '+sum2/cnt2);